Xã hội thời tiền Colombo trên vùng nhiều cây cối và phì nhiêu nay là Paraguay vốn bao gồm các bộ tộc bán du cư và có truyền thống là các chiến binh hung dữ. Những người bản địa này là thành viên của các 5 ngữ hệ riêng biệt và 15 nhóm dân tộc-ngôn ngữ vẫn còn tồn tại cho đến ngày nay.

Người châu Âu đầu tiên tới khu vực vào đầu thế kỷ XVI, và nhà thám hiểm người Tây Ban Nha Juan de Salazar y Espinoza đã lập điểm định cư tại Asunción vào ngày 15 tháng 8 năm 1537. Thành phố sau này trở thành trung tâm của một tỉnh thuộc địa của Tây Ban Nha, cũng như là điểm chính của những người truyền giáo và định cư dòng Tên tại Nam Mỹ trong thế kỷ XVIII. Dòng Tên đã được thành lập và phát triển tại miền đông Paraguay khoảng 150 năm cho đến khi vua Tây Ban Nha trục xuất họ vào năm 1767. Paraguay giành được độc lập từ Tây Ban Nha vào ngày 15 tháng 5 năm 1811.

Lịch sử Paraguay đặc trưng với những thời kỳ dài bất ổn và xung đột chính trị, cũng như chiến tranh với các nước láng giềng. Paraguay đã bị cuốn vào một cuộc xung đột trong Chiến tranh Đồng minh Ba nước với vị trí là nước chống lại Brasil, Argentina và Uruguay với kết quả bị thất bại năm 1870 sau 5 năm trong một cuộc chiến tranh đẫm máu nhất Nam Mỹ. Paraguay trước chiến tranh có dân số khoảng 525.000 người, tuy nhiên sau cuộc chiến này dân số đất nước đã giảm xuống chỉ còn 221.000 vào năm 1871, trong đó chỉ còn 28.000 nam.[4] Paraguay sau đó cũng phải nhượng nhiều vùng lãnh thổ rộng lớn cho Brasil và Argentina.

Chiến tranh Chaco với Bolivia diễn ra vào thập kỷ 1930, và Bolivia là phía thua trận. Paraguay đã tái lập chủ quyền tại khu vực gọi là Chaco, nhưng thiệt hại cũng là rất lớn. Từ năm 1904 đến 1954, Paraguay có tới 31 vị tổng thống, hầu hết trong số đó bị loại bỏ bởi vũ lực.[5]

Sau Thế chiến II, chính trị trở nên không ổn định với việc một vài đảng chính trị giao chiến để tranh giành quyền lực cuối thập kỷ 1940, và sau đó đã dẫn tới Nội chiến Paraguay vào năm 1947. Một loạt các chính phủ không vững chắc được lập ra cho đến năm 1954 với chế độ của nhà độc tài Alfredo Stroessner, ông tại nhiệm trong hơn ba thập kỷ sau đó. Paraguay bắt đầu hiện đại hóa trên một số phương diện dưới thời kỳ cầm quyền của Stroessner vốn đầy tai tiếng với các vụ lạm dụng hay ngược đãi.[6]

Nền kinh tế sa sút và sự cô lập của quốc tế đã tạo cơ hội cho lực lượng đối lập đấu tranh dẫn tới bầu cử dân chủ vào năm 1988. Lãnh đạo của PLRA, Domingo Laíno là trung tâm của lực lượng đối lập vào nửa cuối thập kỷ 1980. Các nỗ lực của chính quyền nhằm cô lập ông như lưu đày vào năm 1982 đã phản tác dụng. Tuy nhiên chính quyền Stroessner đã bớt gay gắt vào tháng 4 năm 1987 và đã cho phép Laíno đến Asun ión. Laíno sau đó đã lãnh đạo một hoạt động đấu tranh. Các cuộc biểu tình được tổ chức và nhanh chóng giải tán trước khi cảnh sát đến. Để đối phó với phong trào, chính quyền buộc phải tổ chức Tổng tuyển cử vào tháng 2 năm 1988. Tuy nhiên, cuộc bầu cử không thực sự minh bạch và kết quả là Strossner tái cử với số phiếu 89%.[7]

Stroessner bị lật đổ trong một cuộc đảo chính quân sự do Tướng Andrés Rodríguez tiến hành. Với vị trí tổng thống, Rodríguez đã cải cách chính trị, luật pháp và kinh tế, tái lập mối quan hệ với cộng đồng quốc tế. Tháng 6 năm 1992, hiến pháp lập ra một hệ thống bầu cử dân chủ và cải cách các quyền cơ bản. Vào tháng 5 năm 1993, Đảng Colorado do Juan Carlos Wasmony lãnh đạo đã được lựa chọn là tổng thống dân cử đầu tiên của Paraguay sau 40 năm. Trong cuộc bầu cử năm 2008, Đảng Colorado đã thắng cử và Tổng thống Fernando Lugo đã lên nắm quyền.